„AGATE“ und „AMÜP“ sind im Register des Deutschen Patent- und Markenamtes eingetragene, geschützte Marken („AGATE“: Registernummer 30 2013 017 153, „AMÜP“ Registernummer 30 2015 008 625).
Die AGATE hat heute die Rechtsform eines eingetragenen Vereins, der am 27. Juni 2012 im Tagungs- und Bildungszentrum Kloster Irsee des Bildungswerkes der Bayerischen Bezirke gegründet wurde. In ihm sind sowohl juristische (Kliniken, Arztpraxen, Apotheken) als auch natürliche Personen Mitglied bzw. können es werden, „die durch uneigennützigen Einsatz oder materielle Hilfe den Vereinszweck, die Förderung der Arzneimitteltherapiesicherheit (Steigerung der Wirksamkeit bei Verringerung der Risiken) im Rahmen einer sowohl rationalen wie rationellen Arzneimitteltherapie, fördern wollen“ (Satzung der AGATE e.V.). Die Mitglieder des AGATE e. V. kommen derzeit aus allen Bundesländern und aus Italien. Im Rahmen der Fort- und Weiterbildung (AGATE Akademie) arbeitet die AGATE mit den Kliniken des Verbandes der bayerischen Bezirke (VBB) zusammen.
Die AGATE finanziert sich frei von jeglichen Lobbyinteressen im Gesundheitssystem aus den Beiträgen ihrer Mitglieder, aus Dienstleistungsgebühren, aus Drittmitteln zur Durchführung klinischer Forschungsprojekte und aus Spenden, die von Lobbyinteressen im Gesundheitssystem unabhängig sind.
Mit Datum vom 17. September 2012 wurde die AGATE e.V. ins Vereinsregister des Amtsgerichtes Regensburg eingetragen. Mit Bescheid vom 21. Dezember 2012 des Finanzamtes Regensburg wurde die AGATE e.V. als gemeinnützig anerkannt.
In ihrer 3. Mitgliederversammlung errichtete die AGATE e.V. am 14. November 2013 das Institut AGATE gGmbH (Gesellschaftervertrag), das am 20.02.2014 ins Handelsregister beim Amtsgericht Regensburg eingetragen wurde.